Los alimentos pueden ser contaminados de forma microbiológica o química. Son aquellos que contienen
gérmenes o sustancias químicas con potencial tóxico capaces de provocar enfermedades a las personas que lo consumen. Se diferencia del deterioro en que un alimento cuando está contaminado no puede observarse a simple vista, ya que los microorganismos son microscópicos. Los
gérmenes patógenos llegan a los alimentos de muchas formas ya que están en todas partes. Por eso hay que mantener unas estrictas normas de
higiene. Los alimentos generalmente se contaminan por dos vías: directamente, del portador, elemento que porta al microbio, al alimento, e indirecta, del portador a un intermediario que lo
pasa al alimento. La producción de alimentos libres de contaminantes depende del lugar de su producción y de los procesos de elaboración y de las personas que toman contactos con ellos. La contaminación puede ser física, química o biológica.